Son frecuentes los episodios de otitis media, debido a la estrechez de las trompas de Eustaquio, con una alta incidencia de sordera. Un 10% de los casos presentan trastornos respiratorios.

La obstrucción severa de las vías respiratorias superiores ocurre en menos del 5% de los afectados, por lo que se deben considerar realizar estudios del sueño si aparecen problemas respiratorios durante el descanso o mientras duermen, especialmente si se observan indicios de retraso cognitivo o en el habla. Las alteraciones del sueño pueden causar, entre otras consecuencias, pérdidas en la capacidad intelectual, problemas de estudio y perdida de memoria que pueden ser irreversibles si no son tratados adecuadamente. En la mayoría de los casos estas apneas son producidas por una hipertrofia de las amígdalas y pueden provocar enfermedades cardiovasculares y trastornos de comportamiento en la edad adulta. Es importante realizar un diagnóstico correcto, ya que en muchos de los casos los niños con trastornos de sueño son tratados como si sufriesen problemas de hiperactividad.

Las apneas obstructivas pueden ser mejoradas con adenoidectomía, perdida de peso y mascaras nasales con una presión de aire positiva y constante. La adenoidectomía y/o amigdalectomía son efectivas, pero son comunes los síntomas de recurrencia, particularmente cuando el procedimiento inicial ha sido la adenoidectomía (en aproximadamente el 90% de los casos). A estos pacientes se les puede suministra anestesia general con seguridad, con la consideración especial de la limitada extensión del cuello y correspondiente tamaño del tubo endotraqueal.

Las apneas centrales pueden ser mejoradas con tratamiento quirúrgico de la hidrocefalia. Algunas patologías como el reflejo gastroesofágico asociadas a enfermedades de las vías respiratorias pueden requerir múltiples tratamientos incluyendo la descompresión de foramen magnum.